Zaczęło się od franciszkanów, którzy przybyli do Chełmna już w 1255 r. Monumentalną świątynię i klasztor (skromniejszy) budowali sto lat.

Franciszkańskie misteria

Przez wysokie okna w kościele ze smukłą wieżyczką wpadało sporo światła, z pewnością zwracając uwagę wiernych na wielki, kilkunastometrowy krucyfiks. Pochodząca z ok. 1380 r. rzeźba Chrystusa z ekspresyjnie wykonanym obliczem liczyła 2,7 metrów i miała ruchome ramiona. Pozwalało to na zdjęcie jej z krzyża i wykorzystanie do misteriów. Dzięki zamontowanemu zbiorniczkowi z boku Ukrzyżowanego spływała krew, co musiało wywoływać niezwykłe wrażenie wśród pobożnych mieszkańców grodu.

Dziś figurę możemy oglądać w przyklasztornym kościele Świętych Janów. Warto wiedzieć, że w Polsce zachowały się tylko dwie rzeźby tego typu, a na całym świecie – około 40. Poza tym ojcowie franciszkanie dbali nie tylko o misteria wielkopostne i wielkanocne – przynieśli również do Chełmna zwyczaj urządzania bożonarodzeniowych szopek.

Plan odnowy

W czasach reformacji kościół i klasztor opustoszał, jednak w 1582 r. franciszkanie wrócili ze zdwojoną siłą. Reaktywowali kult współbrata, Jana z Łobdowa, zatroszczyli się muzykę kościelną (przez pewien czas gwardianem był wybitny muzyk doby baroku Wojciech Dembołęcki), odnowienie ołtarzy, fundację nowych kaplic. W II połowie XVIII wieku istniały przy kościele cztery bractwa religijne: św. Franciszka, św. Anny, Męki Pańskiej i św. Antoniego. Niestety, w 1739 r. ojcowie pomalowali wnętrze na biało, kryjąc pod warstwą farby średniowieczne malowidła figuralne. Plan był zapewne taki, by uwydatnić nowy, barokowy ołtarz z figurami świętych patronów. Dziś dolna część ołtarza wraz ze świętymi Jakubem i Mikołajem znajduje się w parafii Podwyższenia Krzyża Świętego w Lisewie, a górna – w kościele św. Wawrzyńca w Kijewie Królewskim.

Tymczasem niedługo potem doszło do rozbiorów, a wraz z nimi – do kasaty zakonów w państwie pruskim.

Kościół szkolny

Co prawda majątkiem pofranciszkańskim obdarowano siostry szarytki, jednak nie miały one prawa własności do świątyni. Nieużytkowany budynek pustoszał. Padła propozycja, aby przerobić go na szkołę. Na szczęście tego zaniechano, ale jakiś czas potem pojawił się pomysł, aby adaptować go na kościół szkolny. 23 kwietnia 1868 r. nastąpiło poświęcenie świątyni, ufundowano nowe, neogotyckie wyposażenie kościoła, a organy o 21 głosach wykonał w 1910 r. bydgoski mistrz Paul B. Voelkner. Kościół służył uczniom katolickiego gimnazjum. Tutaj też 20 kwietnia 1920 r. uroczyście obchodzono przejęcie szkoły przez władze polskie po powrocie Chełmna do ojczyzny.

Aż do II wojny światowej sprawowano tutaj po dwie Msze św. w niedziele i święta oraz jedną w dni powszednie przed rozpoczęciem nauki. Tymczasem już na początku października 1939 r. okupant zajął świątynię, zamieniając ją na przejściowe więzienie dla okolicznej ludności, w tym księży i żołnierzy aresztowanych, a następnie rozstrzelanych w niedalekich Klamrach.

Po wojnie jako kościół filialny fary dalej służył uczniom szkół średnich, a 21 marca 2001 r. dekretem biskupa toruńskiego podniesiono go do rangi rektoralnego. Co prawda dziś nie można go odwiedzać, ale można mieć nadzieję, że piękne Chełmno, pełne śladów historii, zrewitalizuje kiedyś i ten niezwykły zabytek.