Historia duchowości tego miejsca jest bardzo mocno osadzona w życiu monastycznym. Klasztor augustianów w Chojnie, którego kontynuacją jest współczesna parafia, został ufundowany w 1290 r., a przed 1388 r. zbudowano także kościół i zabudowania klasztorne. Bardzo skomplikowane i burzliwe w związku z protestantyzmem były kolejne wieki istnienia tego miejsca, ale przejdźmy jednak do czasów po II wojnie światowej.

29 września 1957 r. ks. Andrzej Czechowicz, proboszcz parafii NSPJ w Chojnie przejął od władz państwowych kościół i klasztor, który niestety wówczas funkcjonował, jako skład nawozów sztucznych GS. Jego następca, ks. kan. Zbigniew Wójcik kontynuował prace remontowe klasztoru. Wielu parafian wspomina z rozrzewnieniem wizerunek modlącego się z różańcem w ręku i klęczącego w ruinach ks. Zbigniewa. Poświęcenie w znacznej części odbudowanej świątyni nastąpiło 22 września 1963 r. i dokonał go bp Wilhelm Pluta z Gorzowa Wielkopolskiego.

Oficjalne erygowanie parafii nastąpiło 4 marca 1974 r. dekretem wydanym przez bp. Jerzego Strobę, który również mianował pierwszego proboszcza ks. Anatola Strzałkowskiego. Podjął się on przebudowy skrzydła klasztoru na plebanię i zainicjował prace nad domem rekolekcyjnym. Niestety, niespodziewana, nagła śmierć ks. Anatola w 1984 r. przerwała dalsze plany rekonstrukcyjne. Drugim proboszczem został ks. prał. Antoni Chodakowski, kapłan, który wniósł w życie parafii i Chojny niezwykłego ducha oraz twórczą energię, zapał i konsekwencję w realizacji wyznaczonych celów. Nadał mocny charakter duchowy parafii, tworząc wiele wspólnot modlitewnych i duszpasterskich. Wniósł ogromny kapitał tworzenia wizji odbudowy klasztoru, a w dalszej perspektywie monumentalnego kościoła Mariackiego. Przez wszystkie lata remontował kościół Świętej Trójcy, wyposażał liturgicznie, dbając o jego funkcjonalność i zachowanie gotyckiego charakteru przebudowy prezbiterium i ołtarza w kaplicy Maryjnej. To za jego pobytu wypełniono wszystkie okna witrażowe postaciami świętych, wyremontowano organy, założono gotycki łuk, ustawiono rzeźby świętych i ewangelistów w nawie głównej. Z inicjatywy ks. prał. Antoniego rozpoczęto również prace nad odbudową kościoła Mariackiego. Po jego odejściu na emeryturę w latach 2016-18 proboszczem był ks. kan. Jan Zalewski, który gorliwie zaangażował się w dalszą renowację kościoła. Po śmierci ks. Jana, od 2019 r. parafią zarządza ks. Janusz Mieszkowski, który kontynuuje rozpoczęte prace budowlane stając, jak poprzednicy, na czele Fundacji i bardzo starannie chcąc mimo wykruszania się strony niemieckiej, prowadzić dzieło odnowy świątyni.

Uroczystości jubileuszowe miały miejsce w sobotę 25 maja. Zgromadziły one znamienitych gości, gdyż dziękczynnej Eucharystii przewodniczył bp Bronisław Biernacki – ordynariusz diecezji odesko-symferopolskiej, ks. prał. Antoni Chodakowski, ks. prof. Marek Talar z UKSW w Warszawie, ks. Janusz Mieszkowski, dziekan chojeński, księża pracujący w tej parafii oraz z niej pochodzący, a także z dekanatu Chojna. Okolicznościowe słowo Boże wygłosił ks. prof. Marek, który ukazał bogactwo Kościoła ujawniającego się w zaangażowaniu wspólnoty wiary, symbolu świątyni, i budowaniu osobistej świętości w wymiarze życia parafialnego. Podniosła liturgia zgromadziła dużą rzeszę wiernych z władzami powiatu gryfińskiego i gminy Chojna na czele. Wzruszającym akcentem było również wręczenie Orderu św. Ottona ks. prał. Antoniemu Chodakowskiemu, który został nadany jeszcze przez abp. Andrzeja Dzięgę. Nie zabrakło także życzeń od wielu przedstawicieli innych wspólnot oraz instytucji związanych z parafią.