W poniedziałek 16 kwietnia o godz. 4 rano odszedł od nas ks. prał. Józef Batkowski. Trumnę z ciałem Zmarłego wystawiono w krypcie kościoła klasztornego Ojców Franciszkanów pw. Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Toruniu, gdzie trwały modlitwy i wierni procesyjnie przechodzili obok krypty, żegnając swego ukochanego kapłana. Była też możliwość wpisania się do księgi kondolencyjnej. 18 kwietnia bezpośrednio przed Mszą św. o godz. 15 trumna została zamknięta. Uroczystościom żałobnym przewodniczył biskup toruński Andrzej Suski. Mszę św. wraz z Księdzem Biskupem celebrowali kapłani z diecezji toruńskiej, gnieźnieńskiej, bydgoskiej, gdańskiej, olsztyńskiej i kaliskiej. Bp Andrzej Suski podkreślił, że śp. ks. Józef Batkowski prawie do końca, zanim go zmogła choroba, był czynnym kapłanem, słuchał spowiedzi, przyjmował także tych, dla których był kierownikiem życia duchowego, miał duszę franciszkańską. Pogrzeb kapłana zawsze przywołuje słowa Pisma Świętego: „Pamiętajcie o swoich przełożonych, którzy głosili wam Słowo Boże, a rozważając koniec ich życia, naśladujcie ich wiarę”.
Homilię podczas Mszy św. wygłosił ks. prał. Romuald Biniak. Przywołał słowa Th. de Chardina, którym fascynował się śp. ks. J. Batkowski, „śmierć jest wielką komunią z Bogiem. W momencie śmierci ogarnia nas jak ogień sama śmierć, ale ogień ten ma nas sobą wypełnić i złączyć z Bogiem”. A św. Paweł w Liście do Rzymian przypomina nam, że „nikt z nas nie żyje dla siebie i nikt nie umiera dla siebie: jeżeli bowiem żyjemy, żyjemy dla Pana; jeżeli zaś umieramy, umieramy dla Pana. I w życiu więc, i w śmierci należymy do Pana. Po to bowiem Chrystus umarł i powrócił do życia, by zapanować tak nad umarłymi, jak i nad żywymi”. „To jest najważniejsze posłannictwo chrześcijan, głosić, że Chrystus pokonał śmierć i głosić Jego zmartwychwstanie. W to zwycięstwo Chrystusa nad śmiercią mocno uwierzył ten, którego trumnę otaczamy, który nas zgromadził na tej modlitwie i wierząc w to, całe swoje życie oddał w świętym kapłaństwie. Dzielił się tą prawdą z ludźmi, a wyniósł tę prawdę o zmartwychwstaniu i zwycięstwie Pana ze swojego domu rodzinnego”. Ks. prał. R. Biniak wspominając kolejne lata kapłaństwa śp. ks. Józefa poprzez duszpasterzowanie w początkach kapłaństwa, następnie lata wojny i służbę w parafii Świętych Apostołów Piotra i Pawła, podkreślił, że „On kochał ludzi, jak dobry pasterz, który zna swoje owce i one go znają. Kochał Boga i człowieka, kochał konfesjonał, kochał człowieka poszukującego Boga. Sam Pan Bóg wie, ilu ludzi doprowadził do sakramentów świętych, którzy gdzieś przez całe życie nieraz szukali Boga. Kochał wiedzę, nie rozstawał się z książką. Nawet tutaj w świątyni zawsze w jego konfesjonale była jakaś lektura duchowa. Kochał szukanie nowych rozwiązań duszpasterskich, kochał Kościół. Tylko sam Bóg wie, jak daleko posunięta była Jego przyjaźń ze sługą Bożym kard. Stefanem Wyszyńskim. W życiu śp. ks. Batkowskiego wypełniło się to wszystko, co słyszeliśmy w Ewangelii świętej: był błogosławiony, bo umiał kochać, błogosławiony, bo współczuł cierpiącym, błogosławiony, bo nie żył dla siebie, ale dla swoich najbliższych, którymi wy zawsze dla Niego byliście. Żegnamy Kapłana, który nie tylko głosił Prawdy, ale nimi żył, który kochał swoje kapłaństwo, który kochał ludzi. Drogi księże Prałacie, Proboszczu, Seniorze - popatrz z nieba na nas tutaj zgromadzonych - tu jest Twój Biskup, są licznie zebrani bracia kapłani, bracia franciszkanie z którymi tak się zżyłeś, że wstąpiłeś jako tercjarz do Zakonu św. Franciszka, są Twoi bliscy, są ludzie wiary wśród których przez długie lata pracowałeś, są Twoi smutni, może zapłakani parafianie. Jesteśmy tutaj, aby modlitwą podziękować za Twoją wierność kapłańską, za Twoją obowiązkowość, za zabieganie w trudnych czasach wokół tej świątyni. My tutaj obecni pozostaniemy może jeszcze na tym świecie krótki jakiś czas, Ty już jesteś u Pana. Wierzymy, że przeszedłeś do Życia i cieszysz się poznaniem wszystkich tajemnic prawd naszej wiary, które tutaj na ziemi swoim myśleniem chciałeś rozwikłać. Teraz już znasz tajemnicę Boga, znasz Prawdę dotyczącą Pisma Świętego, które tak umiłowałeś i Prawdy jego zgłębiałeś. Już wiesz, jak dobrze jest być blisko Chrystusa, na którego wezwanie przed 72 laty odpowiedziałeś «oto idę» i doszedłeś. Wierzymy głęboko, że jesteś u Pana. My jeszcze pozostajemy. Tylko brak nam będzie Twojej radości, Twoich kazań, Twojej kapłańskiej otwartości. Tu będziesz w tej świątyni długo jeszcze razem z nami. A potem, gdy usypiemy mogiłę nad Twoją trumną, może kiedyś zadumają się nad Twoim grobem, przechodzący tam parafianie i powiedzą: ten kapłan mnie chrzcił, to przed nim odprawiałem spowiedź świętą, ten kapłan prowadził mnie na drogi życia, do ołtarza, błogosławił moje małżeństwo. A może przyjdzie matka i powie swojemu dziecku, które już Ciebie nie będzie znało: «to chyba najpiękniejsze, to był dobry kapłan, zapamiętaj to sobie i powtórz - to był dobry kapłan». Księże Józefie - żyj w pokoju, w komunii z Bogiem. Amen”. Po Mszy św. pogrzebowej podziękowania złożono Księdzu Biskupowi, kapłanom celebransom, siostrom serafitkom, które przez ostatnie miesiące posługiwały osobie Zmarłego w Domu Opieki, lekarzom i wszystkim, którzy okazali życzliwe serce Księdzu Prałatowi, szczególnie ojcom franciszkanom za opiekę w ostatnich latach życia śp. ks. Prałata, który rozdając Boże serce, nie żałował swego. Niech bliskość wobec Pana naszego Jezusa Chrystusa będzie dla Ciebie, Księże Prałacie, nagrodą.
Następnie w procesji odprowadzono doczesne szczątki śp. ks. prał. Józefa Batkowskiego na nowy cmentarz parafialny. W kondukcie uczestniczyły dzieci pierwszokomunijne, poczet sztandarowy z Zespołu Szkół nr 15 z Podgórza, kapłani, rodzina Zmarłego i bardzo liczna rzesza wiernych.